Международная конференция ФизикА.СПб/2025

Равновесная модель связывания интеркалирующего красителя SYBR Green I в ходе амплификации ДНК

Д. Р. Ибрагимов^a, А. А. Федоров^a, Д. А. Варламов<sup>b

a</sup> Институт аналитического приборостроения РАН, Санкт-Петербург, Россия
^b Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной биотехнологии, Москва, Россия

Аннотация: Предложена модель полимеразной цепной реакции, в которой флуоресцентный сигнал формируется интеркалирующим красителем SYBR Green I. Модель амплификации ДНК описывает кинетику реакций, протекающих на стадиях отжига и элонгации. Интенсивность флуоресцентного сигнала в модели определяется количеством связанного красителя, которое в свою очередь рассчитывается с помощью константы диссоциации равновесной реакции взаимодействия красителя с двухцепочечными ДНК. Модель продемонстрировала высокую точность аппроксимации экспериментальных данных, а также способность предсказывать исходное количество молекул ДНК в анализируемой пробе.

Ключевые слова: модель ПЦР-РВ, краситель SYBR Green I, методы Рунге–Кутты, метод Нелдера–Мида.

Поступила в редакцию: 05.05.2025
Исправленный вариант: 01.07.2025
Принята в печать: 07.07.2025

DOI: 10.61011/PJTF.2025.24.61748.8073

Реферативные базы данных:

•