Эта публикация цитируется в 1 статье

IV Международная конференция со школой молодых ученых ''Физика - наукам о жизни''
Радиоспектроскопические и масс-спектрометрические методы в науках о жизни

Алгоритмы обработки изображений в секвенаторе ДНК “Нанофор СПС”

В. В. Манойлов, А. Г. Бородинов, А. С. Сараев, А. И. Петров, И. В. Заруцкий, В. Е. Курочкин

Институт аналитического приборостроения РАН, 190103 Санкт-Петербург, Россия

Аннотация: Успехи геномного секвенирования невозможны без развития информационных технологий и математических методов по обработке данных для установления различных особенностей в анализируемых объектах (нуклеиновых кислотах) и тенденций их изменений. Объем экспериментальных данных при исследовании генома существенно вырос, и для их обработки требуются новые методы и алгоритмы. Первичным этапом обработки данных приборов для геномного параллельного секвенирования является оценка параметров изображений, получающихся с видеокамер в виде электрических сигналов. Следующим этапом обработки является построение последовательности нуклеотидов по алгоритмам, зависящих от принципа действия прибора для секвенирования нуклеиновых кислот. При выполнении этого этапа важное значение имеют алгоритмы для оценки показателей качества для всех индивидуальных чтений (ридов). Одним из путей оценки качества является использование алгоритмов, основанных на методике анализа $k$-меров. Расчет числа встречаемости $k$-меров при проведении эксперимента на системе параллельного секвенирования дает возможность оценить достоверность проведенного анализа. Рассмотрены алгоритмы обработки данных генетического анализатора.

Ключевые слова: секвенирование, нуклеиновые кислоты, обработка изображений, достоверность генетического анализа.

Поступила в редакцию: 16.12.2021
Исправленный вариант: 08.03.2022
Принята в печать: 24.03.2022

DOI: 10.21883/JTF.2022.07.52655.318-21

Реферативные базы данных:

•